ΠΑΝΙΔΑ
Η πανίδα της Κρήτης δεν είναι μελετημένη σε ανάλογο βαθμό με τη χλωρίδα της. Παρόλα αυτά, τα πανιδικά δεδομένα σε πολλές περιοχές ταυτίζονται με τα αποτελέσματα ψηλής βιοποικιλότητας της χλωρίδας, ειδικά στις περιπτώσεις ενδημισμού των εντόμων, σαλιγκαριών και άλλων μικρών ασπόνδυλων στους ορεινούς βιότοπους και σε άλλα "Hot Spots" ενδημισμού (βραχονησίδες, υποαλπικοί βιότοποι, κλπ.).
Τα πρότυπα των υψηλών τιμών χλωριδικής ποικιλότητας στις ορεινές περιοχές της Δίκτης, στη Θρυπτή και τα δορυφορικά νησάκια των Διονυσάδων, της Χρυσής και του Κουφονησιού για παράδειγμα, επαναλαμβάνονται και στην περίπτωση της ασπόνδυλης πανίδας. Σημαντικό στοιχείο όμως της κρητικής πανίδας, ανεξάρτητα του ενδημισμού, είναι το φώλιασμα αρκετών σπάνιων ή κινδυνευόντων (σε πανευρωπαϊκή ή και παγκόσμια κλίμακα) ειδών πουλιών και ερπετών, όπως ο Γυπαετός και η θαλάσσια χελώνα Καρέττα. Στο χαρακτηρισμό των προστατευόμενων περιοχών διαδραμάτισαν σημαντικό ρόλο τα είδη πουλιών που αναφέρονται στο σχετικό παράρτημα της Οδηγίας.
Στην ανατολική Κρήτη έχουν καταγραφεί περισσότερα από 250 είδη πουλιών. Μεταξύ των σημαντικότερων περιοχών για την ορνιθοπανίδα συγκαταλέγονται τα όρη της Δίκτης, της Θρυπτής και του Ορνού, οι νησίδες Διονυσάδες και τα ανατολικά παράλια με τους υγροτόπους τους. Ειδικότερα στις Διονυσάδες έχουν καταγραφεί 157 είδη, με πιο σημαντικά το μαυροπετρίτη (Falco eleonorae), τον αρτέμη (Calonectris diomedea), το μύχο (Puffinus yelkouan) και τον αιγαιόγλαρο (Larus auduinii). Είναι χαρακτηριστικό πως γυπαετό (Gypaetus barbatus), γύπες (Gyps fulvus), χρυσαετό (Aquila chrysaetos), χρυσογέρακο (Falco biarmicus) και άλλα αρπακτικά, μπορεί κανείς να παρατηρήσει, όχι μόνο στις ορεινές ζώνες φωλιάσματος της Δίκτης και της Θρυπτής, αλλά και στις πεδινές φρυγανικές εκτάσεις γύρω από τη Σητεία ή το Βάι.
Μεταξύ των θηλαστικών, ξεχωριστή θέση κατέχουν ο κρητικός αγκαθοποντικός (Acomys minous), σ' ολόκληρη την ανατολική Κρήτη και ο κρητικός αγριόγατος (Felis silvestris)creticus, στη Δίκτη), ενώ δεν λείπει κανένα από τα υπόλοιπα θηλαστικό της Κρήτης, με εξαίρεση ίσως τον αίγαγρο (Capra aegagrus cretica) Τα τελευταία άτομα του είδους αυτού, εξοντώθηκαν στη Δίκτη στις αρχές του 20ου αιώνα. Μικρός πληθυσμός κρητικών αιγόγρων συντηρείται σήμερα με ανθρώπινη επέμβαση στο νησάκι των Αγίων Πάντων. Σημαντική είναι η παρουσία δελφινιών (Stenella coeruleoalba και Tursiops truncates) ανάμεσα στο ακρωτήριο Σίδερο, τις Διονυσάδες και την Ελάσα, καθώς και ατόμων μεσογειακής φώκιας (Monachus monachus).
Ανάμεσα στα ερπετά σημαντική είναι η παρουσία στις ακτές, της χελώνας Caretta careffa. Η ανατολική Κρήτη διαθέτει αρκετούς αμμώδεις βιότοπους με ίχνη φωλιάσματος θαλάσσιας χελώνας σύμφωνα με τα στοιχεία του : "Determination of nesting habitats of Caretta caretta in Greece" (Final EEC report - DG XI-1991). Οκτώ άλλα είδη ερπετών σχηματίζουν σχετικά αραιούς πληθυσμούς. Τα πιο κοινά είναι το λιακόνι (Chalcides occelatus), η πράσινη σαύρα (Lacerta trilineata), το αγιόφιδο (Telescopus fallax) και η δενδρογαλιά (Coluber gemonensis).
Αινιγματική παραμένει η παρουσία του χαμαιλέοντα (Chamaeleo chamaeleon) στην ανατολική Κρήτη, αν και αναφέρεται στη βιβλιογραφία από το Βάι πριν 35 χρόνια
ΧΛΩΡΙΔΑ
Τα φρύγανα αποτελούν τον κυρίαρχο τύπο βλάστησης στις μη καλλιεργούμενες περιοχές και τις παλιές καλλιέργειες που εγκαταλείφθηκαν. Θαμνώδη φυτά όπως η αστοιβίδα (Sarcopoterium spinosum), το αχινοπόδι (Genista acanthoclada), το θυμάρι (Coridothymus capitatus) και το πλουμί ή αρχοντόξυλο (Ebenus cretica), καλύπτουν μαζί με άλλα, μεγάλες εκτάσεις, ως αποτέλεσμα της επίδρασης των κλιματικών και εδαφικών παραγόντων, αλλά και του ανθρώπου (κτηνοτροφία και φωτιές). Στα οικοσυστήματα αυτό συναντούμε και τα περισσότερα ενδημικά φυτά και ζώα της περιοχής. Εκτάσεις με ψηλή θαμνώδη βλάστηση (μακκί) όπου κυριαρχούν ο σχίνος (Pistacia lentiscus), ο πρίνος (Quercus coccifera), η αγριελιά (Olea europea ssp. Oleaster), η χαρουπιά (Ceratonia siliqua) και ο ασπάλαθος (Calicotome villosa), συμμετέχουν ενεργά στη διαμόρφωση της βιοποικιλότητας, αν και λόγω της δράσης του ανθρώπου έχουν περιοριστεί σε απότομες βραχώδεις πλαγιές και σε μικρές συστάδες.
Εντυπωσιακά πευκοδάση τραχείας πεύκης (Pinus brutia) διατηρούνται ακόμη, παρά τις επανειλημμένες πυρκαγιές, στις νότιες πλαγιές της Δίκτης, της Θρυπτής και του Ορνού, διακοπτόμενα από πλατάνια (Plafanus orientalis), λεύκες (Populus spp.) και πικροδάφνες (Nerium oleander) που αναπτύσσονται κατά μήκος των ρεματιών. ΣΤΟ ανατολικό άκρο διαμορφώνεται το μοναδικό στην Ευρώπη φοινικόδασος με φοίνικες του Θεόφραστου (Phoenix theophrasfii), πολύ μεγάλης βιολογικής και αισθητικής αξίας, ενώ στα ανατολικά και νότια παράλια αναπτύσσονται τα φημισμένα υποθαλάσσια λιβάδια με ποσειδώνιες (Posidonia oceanica), ένα θαλάσσιο φυτό που συνδυάζεται με ιδιαίτερα μεγάλο πλούτο θαλάσσιας ζωής. Σημαντικά οικοσυστήματα με αμμόλοφους έχουμε στον κόλπο Γράντες ανατολικά από το Παλαίκαστρο, στον Ξερόκαμπο, στο Κουφονήσι και τη Χρυσή. Οι περιοχές αυτές αποτελούν μοναδικά προγεφυρώματα χαρακτηριστικών βορειοαφρικανικών ειδών φυτών και ζώων, για ολόκληρη την Ευρώπη.
Επίσης οι λιγοστοί υγρότοποι της ανατολικής Κρήτης, αν και μικροί σε έκταση, συμβάλλουν αποτελεσματικά στη διατήρηση της μεγάλης βιολογικής ποικιλότητας στην περιοχή. Η τεχνητή λίμνη των Μπραμιανών, το έλος στο Βάι, οι εκβολές στην Κάτω Ζάκρο και τα λιμνάζοντα υφάλμυρα νερά του Ξερόκαμπου, ακόμα και τα λίγα πλημμυρισμένα εκτάρια γης στη Χρυσή, βρίσκονται πάνω σε έναν από τους βασικούς διαδρόμους μετανάστευσης των πουλιών, θέτοντας έτσι ακόμη μια ψηφίδα στο βιολογικό μωσαϊκό της Κρήτης.
Η ανατολική Κρήτη φιλοξενεί πάνω από 150 είδη ενδημικών φυτών, ένα ποσοστό κοντά στο 80% του συνόλου των ενδημικών φυτών της Κρήτης. Το ποσοστό αυτό είναι ιδιαίτερα υψηλό, αν σκεφτούμε ότι οι κατ' εξοχήν πλούσιες σε ενδημικά είδη περιοχές, όπως τα οροπέδια της Νίδας και οι ορεινοί όγκοι των Λευκών ορέων, δεν συμπεριλαμβάνονται στην περιοχή. Στο όρος της Θρυπτής και το φαράγγι του Χα για παράδειγμα, απαντώνται τουλάχιστον 57 καταγεγραμμένα ενδημικά είδη φυτών, ενώ αντίστοιχα υψηλό βαθμό ενδημισμού (58 είδη) έχουμε και στο οροπέδιο του Ομαλού (στη Βιάννο), το Σελάκανο, την περιοχή της Σύμης, κλπ. Οι πλαγιές της δυτικής Δίκτης, χαρακτηρίζονται επίσης από σχετικά ψηλή βιολογική ποικιλότητα (σχεδόν 30 είδη ενδημικών φυτών), όμως οι αριθμοί των ενδημικών ειδών πέφτουν σημαντικό πηγαίνοντας ακόμα πιο δυτικό, προς την πεδιάδα της Μεσσαράς.
Στα φυτά της περιοχής ξεχωρίζουν διάφορες ενδημικές μαργαρίτες (Anthemis filicaulis, Anthemis tomentella), το στενοενδημικό ενδημικό θρούμπι (Thymbra calostachya)), η ασπέρουλα (Asperula crassula), η κίτρινη βιολέτα (Erysimum creticum) και οι ιδιαίτερα πυκνοί πληθυσμοί του αρχοντόξυλου (Ebenus cretica).
Με βάση το στοιχείο του ενδημισμού, όλες οι περιοχές που προαναφέρθηκαν μαζί με τις Διονυσάδες και τη Μονή Καψά, αποτελούν σημεία υψηλής βιολογικής προτεραιότητας ("Hot Spots") όσον αφορά στα μέτρα διαφύλαξης και περαιτέρω διαχείρισης των φυσικών τοπίων.